В основе проведения судебной бухгалтерской экспертизы лежит юридическая природа. К такой экспертизе прибегают для подтверждения или опровержения фактов, возникших в ходе расследований или же судебных заседаний по уголовным, административным или гражданским делам, связанным с финансовой сферой. Разрешение на подобного рода экспертизу может дать прокурор, следователь или судья. Судебно-бухгалтерская экспертиза не относится к числу обязательных проверок финансово-хозяйственного контроля. В отличие от последних, она не проверяет финансово-хозяйственную деятельность предприятия или фирмы в комплексе. А концентрирует свое внимание на отдельных ее недостатках. Более того, судебная бухгалтерская экспертиза рассматривает только методы, материалы или объекты финансовой деятельности, которые непосредственно отражены в постановлении суда или следователя. Она может быть назначена в связи с хищениями, экономическими и налоговыми преступлениями, корпоративными и таможенными спорами и т.д.
Основной задачей эксперта проводящего такую экспертизу является не классификация какой-то финансовой операции или способа ее проведения в бухгалтерском учете и отчетности, а правомерность ее с точки зрения законодательства. Помимо этого эксперту могут дать слово для дачи компетентного, независимого мнения по сложным вопросам экономического учета, терминологии и финансовых процессов применительно к форме собственности предприятия, по которому ведется заседание.
Часто ответчик, для того чтобы доказать свою законопослушность сам ходатайствует к суду о назначении на его предприятии такого рода экспертизы. Тем самым усиливая свою правую позицию. На текущий момент результаты судебно-бухгалтерской экспертизы являются серьезными фактами в суде, на основе которых может строиться его окончательное решение.